Научная деятельность связана с исследованиями свойств легких ядер (в том числе нейтроноизбыточных), обусловленных их важным значением в ядерной астрофизике и термоядерных реакциях.
Ермаков Евгений Леонидович занимает должность начальника научно-технического центра неразрушающих методов контроля (НТЦ НМКИ) с 18 июня 2007 года. Основная область деятельности связана с управлением и развитием деятельности НТЦ НМКИ, разработкой программ обучения и аттестации, организацией и проведением курсов профессиональной подготовки персонала по неразрушающим методам контроля. Практическая и исследовательская работа направлена на применение и развитие методов неразрушающего контроля для оценки работоспособности промышленного оборудования и трубопроводов, объектов атомной энергетики.