В соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан от 4 августа 2025 года «О мерах по реализации Указа Президента Республики Казахстан от 18 марта 2025 года „О мерах по дальнейшему совершенствованию системы государственного управления Республики Казахстан“» республиканское государственное предприятие «Институт ядерной физики» Министерства энергетики Республики Казахстан переименовано в республиканское государственное предприятие «Институт ядерной физики» Агентства Республики Казахстан по атомной энергии.
Переименование связано с изменениями в структуре центральных государственных органов, направленными на повышение эффективности государственного управления и развитие атомной отрасли страны.